田舎で牧畜をしていた少年、レイはある日失蹤していた兄の手により魔科學兵器に改造されてしまう。 それは強靭な身體能力と多彩な機能、莫大な魔力を秘めた――美少女兵器だった。 幸いにも洗脳を逃れたレイは、牧畜を続けることもできず路頭に迷ったが、幼馴染の女子の誘いからなんと名門魔法女學園に入學することとなる。 ただの冴えない少年が踏み入った、禁斷の魔法と女子の園。起こる事件、飛び交う魔法、そしてたくさんの女生徒たち。 魔科學兵器の無敵の力で、魔法女學園に旋風が巻き起こる！